Nelle numerose vasche dell'Orto botanico vengono coltivate piante d’acqua dolce (idrofite). Quelle di maggiori dimensioni sono situate all'interno del muro, poco oltre la porta nord, e la loro fioritura nei mesi estivi rappresenta una delle attrattive dell'Orto. Altre piante acquatiche, più o meno decorative, si trovano nelle altre vasche e vaschette situate sia all'interno che all'esterno del muro circolare.

Le idrofite, pur appartenendo a famiglie diverse, presentano adattamenti analoghi a causa delle condizioni determinate dall'ambiente acquatico. Alcune possono galleggiare, con le foglie in superficie e le radici immerse nell'acqua ma libere, come la lenticchia d'acqua (Lemma minor L.) o il giacinto d'acqua [Eichhornia crassipes (Mart.) Solms],  dal caratteristico picciolo fogliare ingrossato, provvisto di un tessuto spugnoso (aerifero) ripieno d'aria che permette alla pianta di galleggiare. Altre invece sono ancorate al substrato, come ad esempio le ninfee (Nymphaea sp.pl.), il fior di loto indiano (Nelumbo nucifera Gaertn.), la victoria (Victoria cruziana Orbign.) dalle grandi foglie circolari a bordo rialzato e il papiro del Nilo (Cyperus papyrus L.), che veniva utilizzato già dagli antichi Egizi per ricavare dal suo midollo delle strisce che, pressate, costituivano l'antenato dell'attuale foglio di carta.

La più singolare delle piante acquatiche che si coltivano in Orto è indubbiamente la minuscola wolffia [Wolffia arrhiza (L.) Horkel ex Wimm.], che si può ammirare nella piccola vasca addossata all'esterno del muro, di fronte al "teatro botanico". Si tratta della più piccola fanerogama della flora europea: la pianta, priva di radici, è costituita unicamente da una piccola foglia ovoide che raggiunge il diametro massimo di 1 millimetro.