Il settore che ospita la collezione delle specie più significative dei Colli Euganei si trova a ridosso del muro tra le porte ovest e sud, in corrispondenza del quarto della magnolia e di fronte alla collezione delle piante velenose.

I Colli Euganei sono un complesso collinare che si eleva sulla pianura veneta a sud-ovest di Padova dal profilo di monti, come a volte sono impropriamente chiamati, ma con altezza media tra i 300 e i 500 m sul livello del mare. La loro complessa storia geomorfologica, che ha messo a contatto rocce sedimentarie e prodotti di origine vulcanica, ha permesso l'instaurarsi ed il mantenersi di una flora interessante e diversificata. La collezione presente in Orto propone all'osservatore uno scorcio di questo distretto.

Sono presenti in questo settore varie specie tipiche della flora mediterranea: le querce sia a foglie persistenti come il leccio (Quercus ilex L.) che caduche come la roverella (Quercus pubescens Willd.), il corbezzolo (Arbutus unedo L.), l'erica arborea (Erica arborea L.), dalle cui possenti radici si ricava un legno duro e poco combustibile, detto radica, molto apprezzato per la fabbricazione delle pipe, la ginestra comune (Spartium junceum L.) dai rami cilindrici privi di foglie, che cadono subito dopo la produzione di fiori gialli e profumati e dai legumi falciformi ed eretti. La ginestra venne cantata anche da Leopardi per la sua capacità di colonizzare ambienti inospitali e scoperti, come si verifica sulle cave abbandonate dei Colli Euganei. Altre piante caratteristiche dei Colli Euganei sono ad esempio l'albero di Giuda (Cercis siliquastrum L.), il cisto a foglie di salvia (Cistus salvifolius L.) e il dittamo (Dictamnus albus L.).

Sono considerate interessanti in questa zona anche alcune specie esotiche, estranee alla flora italiana ma che hanno trovato qui un ambiente favorevole: il fico d'India nano [Opuntia compressa (Salisb.) Mcbride] , e l’Opuntia stricta (Haw.) Haw., che dalla metà degli anni settanta sta ampliando la sua area di diffusione, anche a scapito della precedente.

La collezione delle piante rare e minacciate di estinzione occupa il settore all'interno del muro di cinta, tra la porta Ovest e le vasche delle piante acquatiche, in corrispondenza del quarto del ginkgo. Vi sono coltivate specie del Triveneto rare o minacciate nella loro sopravvivenza soprattutto perché l'uomo ha distrutto il loro ambiente con le deforestazioni, le bonifiche e l'abbandono delle antiche pratiche colturali. La specie forse più nota è la ruta padovana [Haplophyllum patavinum (L.) Don fil.], l'unica a portare il nome della città, attualmente minacciata perché stanno sempre più scomparendo i suoi ambienti di vita. Le nuove tecniche di agricoltura estensiva hanno infatti portato , assieme all'uso indiscriminato di pesticidi e concimi e all'introduzione senza controllo di specie nuove da paesi lontani, ad un inquinamento sia genetico sia ambientale di acqua, suolo e aria. La salvaguardia delle entità minacciate è attualmente intesa come salvaguardia della biodiversità di tutte le specie di un ecosistema e la conservazione dell'ecosistema stesso, con la sua complessità di ambienti, che determina, in definitiva, anche la diversità del paesaggio.