Il compito primario di ogni orto botanico consiste nella raccolta di una grande varietà di piante, appositamente suddivise per categorie e specie, allo scopo di permetterne l’osservazione e lo studio. Per questo l’Orto di Padova accoglie 3500 specie diverse, che intendono rappresentare, anche se in formato ovviamente ridotto, una parte significativa del regno vegetale.